基础医学院成立于1982年，前身是基础医学部，1938年国立贵阳医学院创建之时，来自北京协和医学院的李宗恩、王志均、朱章赓、汤佩松和张昌颖等我国知名医学教育先驱开启了基础医学院的历史，也奠定了基础医学学科服务边陲健康事业的基调。历经八十载努力，学院已发展成为集教学、科研和社会服务于一体的人才培养和科学研究基地，形成完整的“本科-硕士-博士-博士后”人才培养体系。

而今活跃于学科研究一线的专家教授们，带领团队取得了国内乃至国际先进水平的成果，包括地方性氟中毒发病机制及干预研究、慢病发病机制研究、肿瘤免疫与自身免疫疾病研究、病原生物致病、耐药机制研究及药物开发和脑血管疾病和药物成瘾的神经机制研究等。学院立足本省实际情况，为保障贵州当地医药人才培养的可持续发展，对提高区域人群健康水平和促进地方经济社会发展作出了应有的贡献。

基础医学院拥有基础医学一级学科博士学位授权点和博士后科研流动站，生物学一级学科硕士学位授权点和药理学二级学科硕士学位授权点。拥有1个省级特色重点学科,4个省级重点学科，基础医学和医学实验技术专业是贵州省一流本科专业。学院拥有国家地方联合工程研究中心（实验室）1个、教育部重点实验室1个、国家科技部及教育部111引智基地1个，国家级实验教学示范中心1个，教育部虚拟教研室1个、省级重点实验室3个、省级国际科技合作基地3个、省级工程技术中心1个、省级科技创新人才团队6个、省级人才基地2个、贵州省“2011”协同创新中心2个、省级高等学校特色重点实验室3个、贵州省发改委工程中心4个和省级科普示范基地(贵州省生命科学科普基地)1个。

截止2022年6月,基础医学院教职工人数208人，在编183人，合同制23人，科研助理1人，其中正高职称24人，副高职称67人，博士70人，硕士87人，专任教师181人。基础医学学科博导50人，硕导145人；省管专家7人，省教学名师5人，国务院和省政府津贴获得者8人，贵州省优秀青年科技人才6人。